Dell'originario Palazzo Municipale dalla sagoma particolare, distrutto nel 1817 da uno dei misteriosi incendi che ha funestato il paese, si è salvata solo la balaustra adornata di statue, che ora cinge il 'Sagraèto' davanti il Palazzo Vescovile e che costituisce uno degli angoli più pittoreschi di Chioggia.
Il Municipio attuale costruito con un'ottica asburgica, è un edificio neoclassico imponente, poggiante su un massiccio porticato, che doveva incutere soggezione verso l'ordine imperiale, difatti era anche carcere. Artisticamente non è rimarchevole come il precedente, ma vi sono custodite opere d'arte notevoli: negli uffici del Sindaco e della Giunta il trittico su tavola La giustizia tra i Santi Felice e Fortunato del 1436 di Jacobello del Fiore (1394-1439), la tavola anonima di metà '300 rappresentante Cristo tra i Santi Felice e Fortunato. Questi sono i patroni del paese ed il loro culto è ancora molto sentito. Vi sono anche dei disegni di Rosalba Carriera (1675-1757) la pittrice veneta, anzi originaria proprio da Chioggia, famosa per i suoi pastelli. Nella sala del consiglio, invece, campeggia un enorme quadro raffigurante L'ultima cena di Antonio Vassilacchi (1556-1629) detto l'Aliense, collaboratore del Tintoretto e del Veronese. In un cortile, invece, è posta una pregevole vera da pozzo in marmo proveniente dall'Oratorio dei Filippini.